SKS er inddelt i hovedgrupper. Hver hovedgruppe indeholder hierarkiske klassifikationer til specifikke formål. Næsten alle SKS-klassifikationer har en enkelt akse (monoaksial), men koder fra de enkelte klassifikationer kan kombineres på forskellig vis – se eksempler nedenfor. Dette giver mulighed for at udtrykke mere komplekse sammenhænge, der svarer til brug af multiaksiale klassifikationer.
Alle bogstaver i alfabetet kan oprettes som en ny hovedgruppe.
Se tabel over hovedgrupper under SKS Hovedgrupper
På længere sigt vil der blive mangel på bogstaver. I takt med større krav om strukturerede informationer i de elektroniske patientjournaler vil der skabes et behov for mange små-klassifikationer. Det betyder nok, at vi må gå bort fra at lægge information og betydning i selve koden og arbejde hen imod ”dumme kodelister” – dvs. koder uden betydningsbærende indhold.