Som led i arbejdet med at styrke kvaliteten i de centrale registre udarbejder Sundhedsdatastyrelsen vejledninger til indberetning til Landspatientregisteret.
For visse speciale- og fagområder er der nogle særlige krav og vejledninger, som sygehusene skal følge, når de indberetter.
Vejledningsfunktionen omfatter også et samarbejde med de kliniske selskaber om udarbejdelsen af speciale- og fagområdespecifikke kode- og registreringsvejledninger, ligesom Sundhedsdatastyrelsen fastlægger anvendelsen af DRG-systemet som redskab til måling af sygehusenes produktion.