Datagrundlaget for Fødselsregisteret var i perioden 1973 til 1995 baseret på skemaindberetning til Sundhedsstyrelsen. Fra 1995 er indberetningen om fødsler på hospital sket elektronisk via Landspatientregisteret.
I Fødselsregisteret indgår udtræk fra:
- CPR, det centrale personregister
- skemaindberetninger om hjemme- og dødfødsler